"Nightmares from the Deep 3 - Davy Jones" erzählt die Geschichte der furchtlosen Museumvorsteherin Sarah Schwarz und ihrer Tochter Cory . Nach der Entdeckung geheimnisvollen Notizen, die die Wahrheit der Legende über Davy Jones bestätigen, beruft Sarah eine Pressekonferenz ein, um der ganzen Welt zu zeigen, dass der alte Meeresteufel und seine mythischen Schätze real sind und auf einer geheimnisvollen Insel versteckt liegen. Plötzlich erscheint die Galeone des berüchtigten Piraten am Horizont und Davy Jones selbst bricht in das Museum ein, um Sarah und ihre Tochter zu entführen. Sara und ihre Tochter werden in die Brigg von Jones' Schiff geworfen. Sie schaffen es, zu entkommen. Während der Suche nach einem Weg zurück zum Ufer entdecken sie das dunkle Geheimnisse des Schiffs. Doch bevor sie auf einem der Rettungsboote entkommen können, werden sie erneut gefangen genommen. Um ihre Mutter zu retten, geht Cory einen dunkler Pakt mit Davy Jones ein...